O engenheiro sanitarista tem como missão a aplicação dos princípios de engenharia à prevenção, ao controlo e à gestão dos factores de risco com origem no ambiente (por exemplo: ar, água, resíduos, habitat construído), que afectam a saúde e o bem-estar físico, mental e social do Homem.

O desenvolvimento tecnológico resulta numa cada vez maior diversidade de agentes biológicos, químicos, físicos, etc. potencialmente perigosos para a saúde humana. As exigências de diversa natureza, por vezes bem intencionadas no seu âmbito, podem representar riscos acrescidos para a saúde. A prevenção da doença e a promoção da saúde é uma matéria cada vez mais complexa, de competências mais vastas e abrangentes obrigando ao recurso a equipas multidisciplinares onde os engenheiros sanitaristas da saúde ou engenheiros de saúde pública, pela sua formação de base e a adquirida durante o estágio de especialidade, são elementos importantes.

Neste âmbito são desenvolvidas actividades de coordenação e de apoio técnico aos programas e projectos levados a cabo localmente.