O Manual de Procedimentos de Saúde do Trabalho é um documento que visa estabelecer e uniformizar as principais práticas e procedimentos de carácter técnico-organizativo do Serviço de Saúde do Trabalho, a adotar pelos profissionais do Serviço a quem compete garantir o seu cumprimento.

Qualquer empresa/estabelecimento através dos Serviços de Saúde do Trabalho, independentemente do tipo de modalidade de organização (serviços internos, externos ou comuns) deve elaborar um Manual de Procedimentos de Saúde do Trabalho.

Por outro lado, as empresas/entidades autorizadas a prestar Serviços Externos de Saúde do Trabalho quando requerem à DGS a autorização (ou a alteração da autorização) são obrigadas a apresentar o Manual de Procedimentos, o qual deve ser alvo de atualização periódica e de melhoria contínua.

De forma a harmonizar a elaboração deste documento a DGS publicou a Informação Técnica 08/2014 relativa ao “Manual de Procedimentos no âmbito da Saúde do Trabalho” que identifica os conteúdos mínimos que devem constar neste Manual, em duas vertentes:

• Manual de Procedimentos de Saúde do Trabalho / Serviço Externo de Saúde do Trabalho: destina-se a sociedades, associações, cooperativas ou pessoa singular que requerem, ou requereram, autorização de Serviço Externo de Saúde do Trabalho à Direção-Geral da Saúde, ao abrigo do artigo 84.º da Lei n.º 102/2009, de 10 de setembro, e suas alterações.
•  Manual de Procedimentos do Serviço de Saúde do Trabalho - Empresa/ Estabelecimento: destina-se a empresas/estabelecimentos de qualquer ramo de atividade económica, independentemente do tipo de modalidade de organização adotada para o Serviço de Saúde do Trabalho (interno, externo ou comum), prioritariamente os que possuem mais de 50 trabalhadores.

Considera-se que o Manual de Procedimentos de Saúde do Trabalho deve ser encarado como um instrumento:

• De referência e de gestão do Serviço de Saúde do Trabalho, relativo a práticas clínicas e não clínicas, que ao definir os principais requisitos de organização e funcionamento, ao padronizar protocolos de vigilância da saúde, e ao normalizar práticas quanto à prestação de cuidados de saúde aos trabalhadores, entre outros aspetos, contribui para assegurar a exigência, o rigor e a qualidade necessária e imprescindível na prestação do Serviço. 
• Que potencia a qualidade do Serviço de Saúde do Trabalho e a sua melhoria contínua, quando adequadamente elaborado e sempre que as determinações que constam no Manual sejam cumpridas pelos seus profissionais.
• Que estabelece a base da avaliação do Serviço de Saúde do Trabalho, dado que ao documentar as suas práticas comuns possibilita comparar as atividades previstas com as realizadas.
• Que permite elucidar a entidade patronal/empregador relativamente às linhas base de intervenção do Serviço de Saúde do Trabalho.
• Que possibilita estabelecer um sistema de documentação, incluindo registos, essenciais para assegurar o planeamento, a operação e o controlo da atividade do Serviço de Saúde do Trabalho.